Pengasuhan Santri, Sebagai lembaga pendidikan dengan sistem asrama yang terprogram, terarah dan terpadu, Pondok Modern Al-Barokah menciptakan fungsi dan posisi ganda bagi para santrinya. Dalam konteks pendidikan formal, yang dikelola oleh Kulliyyatu-l Mu’allimin Al-Islamiyyah (KMI), mereka berstatus sebagai siswa KMI, dan dalam kapasitasnya sebagai penghuni pondok pesantren, mereka adalah santri. Sehingga istilah pengasuhan santri konotatif dengan pembinaan dan penanganan seluruh aktifitas informal dan non formal, yaitu seluruh kegiatan yang diselenggarakan di luar jam pelajaran (red-kegiatan ko-kurikuler dan ekstrakurikuler).
Lembaga Pengasuhan Santri Pondok Modern Al-Barokah bertugas untuk memperanfungsikan seluruh sektor untuk pendidikan santri selama dua puluh empat jam. Pengelolaannya langsung ditangani oleh Pengasuh Pondok yaitu Drs. KH. Rosyidin Ali Said. Namun dalam pelaksanaannya dibantu oleh Staf Pengasuhan, yang masing-masing memegang peran, fungsi dan tanggung jawab yang secara umum terbagi menjadi beberapa hal, yaitu penanggung jawab organisasi pelajar, penanggung jawab kegiatan kepramukaan, penanggung jawab inventarisasi (sarana dan prasarana) dan penanggug jawab guru.
Tugas Pengasuhan Santri adalah memberikan bimbingan, pengajaran, dan pengembangan kepada para santri, yakni pada aktivitas ekstra kurikuler yang meliputi keorganisasian, kepramukaan, bahasa, disiplin, olahraga, keterampilan, kesenian, akhlak, dan ibadah. Sedangkan secara garis besar, arah dan tujuan program kepengasuhan tertuju pada 5 hal mendasar, yaitu: Sudah benarkah: ubudiyah santri, akhlak (moralitas) santri, disiplin santri, Bahasa santri, dan belajar (akademi) santri.
Bagi Pondok Modern, pendidikan bukan hanya di dalam kelas saja, melainkan pengawasan terhadap totalitas kehidupan santri selama 24 jam penuh di pondok. Itulah sarana yang tepat dan strategis untuk menanamkan nilai-nilai kehidupan Islami, yang mengacu kepada nilai dan filsafat hidup pondok yang tertuang dalam panca jiwa; keikhlasan, kesederhanaan, berdikari, ukhuwwah Islamiyah dan jiwa kebebasan. Sebagai alatnya adalah disiplin. Dalam menegakkan disiplin santri, saat ini pondok lebih menekankan pada pendekatan kesadaran dan tindakan preventif dengan meminimalkan hukuman fisik.
Untuk lebih mengoptimalkan kerja pengasuhan dan pemerataan sentuhan kepada seluruh santri, lembaga ini memperanfungsikan bapak-bapak guru sebagai pembimbing dan penanggungjawab pada setiap sektor kegiatan yang ada, diantaranya pembimbing pelajaran sore /ALAC (Afternoon Lesson Advisory Council), pembimbing bahasa /LAC (Language Advisory Council), pembimbing latihan pidato dan diskusi ilmiah /PUSDAC (Public Speaking and Discussion Advisory Council), pembimbing kepramukaan/ MABIKORI (Majlis Pembimbing Koordinator Harian), pembimbing asrama/ rayon (masyayikhu-l maskan).
Dalam rangka konsolidasi dan evaluasi dengan seluruh pembimbing, serta dalam rangka perbaikan dan peningkatan pembimbingan, diadakan beberapa pertemuan berkala, untuk mengecek dan mengevaluasi 4 hal penting dalam sebuah organiasi, yaitu program kerja, mekanisme kerja, hubungan antar pengurus dan keuangan organiasi
. Di satu sisi, lembaga Pengasuhan Santri juga berfungsi sebagai Guidance and Counseling, yakni membantu menyelesaikan masalah yang dihadapi santri, terutama melalui bapak-bapak guru wali kelas dan para pembimbing sektor kegiatan yang dibentuk guna problem solving dan tentunya untuk menambah kenyamanan para santri dalam menjalankan misi ibadah tholabul ilmi di Pondok Modern Al-Barokah.